与莉可、罗伊以及帕底亚地区的三只最初的宝可梦们一起踏上激动人心的宝可梦世界冒险之旅吧！...

那个蓝发的，优秀的少女朝比奈凉风（三桥加奈子 配音）一直都萦绕在秋月大和（中村太亮 配音）的记忆中挥之不去。为了接近凉风，从来没有经受过训练的大和加入了学校的田径社。然而，入社后，大和展现出的优秀素质让众人都眼前一亮，唯有凉风对此不置一词。在凉风眼里，这一切都是大和为了吸引自己的目光而玩弄的花招而已。　　对于爱情，凉风曾经有过一段凄惨的回忆，这让她在对待大和的追求时，一直持有着冷漠的态度。但是，...

　20世纪末，一种被称为“B细胞”的物质被发现存在于生物体内，这种物质会直接侵入生物的DNA内部，使其产生异变。科学家们对这种奇妙的物质产生了极大的兴趣，为此进行了多次动物实验，并秘密地准备将B细胞用在人体上。高中生海堂佑司在不知不觉中成为了牺牲品，也因B细胞的活性化而被诊为不治之症，进入了精心安排下的冷冻睡眠。在这段时间内，由于动物体内的B细胞无法通过冷冻来抑制，使其发生了突变增殖引发了物种变化...